아가사박사는 자신이 발명한 음성변조기 볼펜으로 받은 계약금으로 산 장난감을 집안의 별장에 숨겨놓고 소년 탐정단에게 찾게 할 계획을 세웁니다.

장난감을 보물로 찾게 해 선물하려는 아가사의 계획을 눈치채 코난은 한심해하지만...

아가사 박사의 큰어버지의 별장에 간 코난 일행.

아가사박사의 큰아버지가 큰부자였으며 몸이 약해 38세로 죽을 때까지 별장에서 테이코 고모와 함께 요양을 했다는 것을 들은 코난.

아가사박사는 큰아버지가 유언으로 자신이 죽은 후 50년 동안 별장에 아무도 들이지 말라고 유언했으며 다음 달 별장을 허물기 전에 아이들을 데려와 보물찾기를 하려고 했던 것.

아가사박사는 자신이 사흘동안이나 고심한 수수께끼에는 코난도 고전할거라고 생각하지만 코난은 간단히 아가사의 보물을 찾아내고 맙니다.

코난은 아가사에게 별장에는 또 다른 수수께끼가 숨겨져 있다고 말하고...

코난은 침대근처에 떨어져 있던 40년전의 동전을 발견하고는 아가사에게 40년 전에 별장에서 누군가 살고 있었다고 합니다.

게다가 동전은 손재주가 좋은 사람이 이루러 깎아 만든 것이라는 것을 알게 된 코난.

쌓여있는 책들과 책사이에 끼어져 있는 쇠조각과 흰머리카락으로 노인이 책을 읽으면서 동전을 조각했다는 것을 추리한 코난은 소년 탐정단들이 발견한 그림을 보게 됩니다.

접시와 촛대, 꽃병밑에 쓰여진 이상한 기호를 본 코난은 그것이 어떤 규칙을 가지고 쓰여진 암호라는 것을 알게 됩니다.

셜록홈즈에 나오는 춤추는 인형의 암호와 흡사한 이 암호를 풀기 시작한 코난은 심상치 않은 수수께끼에 설레이는데...

소년 탐정단의 재촉에 아가사사 숨진 보물의 힌트를 준 코난.

코난의 충고대로 찾은 보물은 누군가의 칼에 난도질 당한 후였는데...

누군가 아가사박사가 보물을 숨긴 후 들어와 장난감을 훼손했다는 것 눈치챈 코난과 아가사는 경찰에 신고합니다.

범인이 무언가를 찾기 위해 별장에 침입했다고 확신한 코난은 발견한 암호를 풀어 수수께끼를 알아내려 하는데...

암호를 푼 코난은 레코드, 트럼프, 초상화, 와인글래스, 비행기, 꼭두각시 인형, 촛대, 접시, 꽃병이라는 10개의 단어라는 것을 알게 되지만 단서가 부족해 고전합니다.

아가사는 코난에게 테이코고모가 10년 전부터 히라가나로만 쓰여진 이상한 편지를 받았으며 편지지 둘레에 코난이 푼 암호가 써져 있었다고 합니다.

코난은 그 암호편지의 비밀을 자신의 아버지가 이미 풀었었다는 것을 듣고...

코난은 아가사가 말해준 편지를 떠올리며 암호가 모두 히라가나로 읽어야 한다는 것을 밝혀냅니다.

암호를 풀다가 숨겨진 계단을 발견해낸 코난.

계단을 다라 올라간 곳에서 동전을 조각하던 노인의 시체를 발견한 코난 일행.

코난은 시체 옆에서 20달러짜리 지폐 원판을 발견하고 그가 아가사의 큰아버지의 초상화를 그려준 화가이며 지폐원판을 만든 죄의식으로 별장에 숨어살아왔다는 것을 추리합니다.

위조지폐원판을 찾으러 온 범인과 만나게 된 코난 일행은 범인에게 총으로 위협을 당하게 되는데...

"명탐정 코난" 12편입니다.

자신을 작아지게 한 조직의 진와 워커에 대한 단서를 간발의 차로 놓치고 마는 코난.

안타까운 코난과는 달리 코난의 도움으로 갖가지 사건을 해결한 모리만은 나날이 명성이 높아지고 있습니다.

거대한 조직이 사악한 목적으로 만든 약으로 작아진 천재 탐정 신이치가 조직을 뒤쫓는 큰 사건의 줄기와 함께 얽힌 다른 사건들이 "명탐정 코난"을 이루게 되는데....

탐정 자신이 연루된 수수께끼와 그 과정에서 덤으로 해결되는 사건들이 펼쳐집니다.