때는 해적시대. 지금은 전설이 된 해적왕 골드 로저가 남긴 [원피스]를 둘러싸고 수많은 해적들이 깃발을 올려 싸우고 있었다. 그리고 그런 해적을 경하던 루피는 해적왕을 목표로 항해를 떠난다!!
전설은 시작되었다!!
루피 일행은 산을 뛰어넘어 마침내 위대한 항로에 돌입했다. 하지만, 눈앞에 거대한 고래가 나타나, 루피 일행은 그 고래의 위장 속으로 빨려 들어가고 만다...
거기서 사건은 일어났다. 수수께끼의 2인조가 이 고래를 노리고 위장 속으로 침입해 들어온 것이다!!
루피는 간단히 두 사람을 붙자고, 이곳의 주인 크로커스로부터 고래가 왜 이곳에서 기다리고 있는 건지에 대해 듣는다.
사태를 파악한 루피는 새로운 목표를 고래에게 주기 위해, 스스로 싸움을 걸어, 다시 한 번 만나러 오겠다고 약속을 한다. 갈 곳이 정해져있지 않았던 루피 일행은 그때 잡은 2인조가 사는 마을.
위스키 피크로 향하게 된다. 그곳에 도착하자마자, 엄청난 환영에 모두 술에 취해 쓰러지게되고, 밤도 깊어진 무렵, 뭔가 수상한 분위기가...그렇다, 이 마을은 현상금 사냥꾼들의 소굴로 바로크 워크스라는 범죄 집단이 사는 마을이었던 것이다!!
이 사실을 눈치챈 조로는 혼자서 적진에 깊숙이 쳐들어간다...
위대한 항로에 들어온 루피 일행은 비밀 범죄 회사 바로크 워크스의 알라바스타 왕국 강탈 작전을 막기 위해 왕국의 왕녀인 비비와 함께 알라바스타로 향하게 된다…
드럼 섬에서 의사 쵸파와의 만남을 거쳐 알라바스타에 도착한 루피 일행.
항구도시 나노하나에서 모험의 준비를 하던 참에 스모커 대령이 이끄는 해군 부대와 만나 아슬아슬하게 마을을 빠져나온다.
한시라도 빨리 반란군을 막고자 비비는 반란군의 본거지인 유바로 향한다.
그 도중에 메말라버린 마을, 에루마루에서 비비의 입에서 나온 알라바스타 국민들의 폭동의 원인… 그 것은 댄스 파우더라는 인공적으로 비를 내리게 만드는 가루를 써서 국왕과 국민을 대립시켜 알라바스타를 빼앗으려 하는 크로커다일의 무서운 계획이었던 것이다! - 가혹한 사막을 빠져 나와 도착한 도시 유바. 그곳은 모래에 파묻혀 있었고 노인 한 명만이 살고 있었다…
놀라는 루피일행에게 말을 건 노인 토토는 반란군의 리더 유바의 아버지로 비비와는 아는 사이었다!!
현재의 나라의 사정과 반란군과 비비의 관계를 알게 된 루피.
각각의 마음이 교차하는 가운데 루피는 하나의 결론을 내린다.
이 폭동을 막기 위해서는 제일 먼저 크로커다일을 날려버리는 것이라고, 일행은 그가 있는 레인 베이스로 진로를 바꾼다….