때는 해적시대. 지금은 전설이 된 해적왕 골드 로저가 남긴 「원피스」를 둘러싸고 수 많은 해적들이 깃발을 올려 싸우고 있었다. 그리고 그런 해적들 동경하던 루피는 해적왕을 목표로 항해를 떠난다.
「위대한 항로」에 들어온 루피 일행은 하늘 위의 섬, 신의 나라 「스카이피아」에 도착하게 된다. 하지만 도착하자마자 불법 입국죄로 범죄자가 되어 신의 심판을 받게 된다. 여기에 산제물로 나미 일행이 끌려나게 되어 루피 일행은 나미 일행을 되찾아 오기 위해 움직이기 시작하지만, 스카이피아 신관들의 방해에 고전을 면치 못한다!!
한편 산제물이 된 나미 일행은 주변을 조사한 결과. 이 하늘섬이 지상에 있었던 자야섬의 일부였다는 사실을 알아낸다. 루피 일행과 합류한 나미 일행은 그때까지의 조사를 근거로 이 당에 황금향이 있다고 확신하고 보물찾기를 시작한다.
하지만 어퍼 야드를 지배하고 있는 갓 에넬 일행과 고향을 되찾으려는 원주민, 샨디아의 싸움에 휘말리게 되어 삼파전의 서바이벌 상태로 돌입한다!!
갓 에넬의 절대적인 공포 앞에서 차례로 쓰러져 가는 전사들…. 그리고 마침내 에넬의 진짜 목적이 밝혀지게 되는데. 그것은 하늘에 사는 모든 인간들을 없애버리고 자신은 하늘을 나는 방주, 「맥심」을 타고 「페어리 바스」로 가려는 것이었다!!
이 계획을 저지하기 우해 마침내 에넬과 맞서는 루피. 싸움은 루피에게 유리한 것처럼 보였지만, 팔에 금괴가 달리고, 방주에서마저 떨어지고 만다. 천적 루피가 사라지자 에넬은 마침내 연회의 초종 단계로 들어가려 하는데….